不同于城鎮地區已經具備了成熟的污水收費體系，農村地區目前沒有收費基礎，暫時還不能實現用戶排污的收費，這導致農村污水處理項目需全部由政府買單，對當地政府而言，財政壓力相對較大。

污水處理作為一項長期持續的工程，需要投入大量資金，大多數地區的鄉鎮政府難以承受建設及運行費用，并沒有市場化融資渠道。此外，部分地區僅靠政府財政投入，存在一定程度的重投資、輕效益現象。

發揮政府投資的引導和撬動作用，采取直接投資、投資補助、資本金注入、以獎代補、財政貼息、無償提供建筑材料等多種方式支持農村基礎設施建設。鼓勵地方政府和社會資本設立農村基礎設施建設投資基金。建立規范的地方政府舉債融資機制，推動地方融資平臺轉型改制和市場化融資，通過特許經營等方式吸引社會資本參與農村污水處理項目，通過績效考核支付運營費可大大提高治理效果。

加快農村污水處理設施產權制度改革。以政府投入為主建立規模較大的農村集中供水基礎設施，由縣級人民政府或其授權部門根據國家有關規定確定產權歸屬；單戶或聯戶農村供水基礎設施，國家補助資金所形成的資產歸受益農戶所有；以政府投入為主興建、規模較小的農村供水基礎設施，資產交由農村集體經濟組織或農民用水合作組織所有；社會資本投資興建的農村供水基礎設施，建立管護制度，落實管護責任。

積極探索創新付費制度，鼓勵先行先試，在有條件的地區實行污水處理農戶繳費制度，保障運營單位獲得合理收益，并建立財政補貼與農戶繳費合理分攤機制。