由于今年很多城市省份普降大暴雨、特大暴雨，雨量大，雨期持續長。長江及淮河、鄱陽湖、太湖、巢湖等江河湖泊均超警戒水位，較長時間呈高水位滯流緩流態勢，一些特殊的流域洪區蓄洪區村莊污水處理設施因遭洪水肆虐、浸泡、泥沙淤積，遭受到不同程度的毀損。

農村污水處理設施尾水一般會就近排入村莊周邊的河道坑塘，或用于農田灌溉等回用用途。據不完全統計，在已發布的31個省、直轄市的地方農村污水處理設施水污染物排放標準中，僅有個別地區的農污標準對出水的衛生學指標提出了要求。在大部分地區農污標準中，除出水回用時需達到相應的回用標準外，并未對出水的衛生學指標作出單獨規定。

相比城鎮污水處理廠，農污設施工藝流程相對較短，排水中殘留的病毒更有可能侵染生活環境、食物及飲水。因此，疫情期間的農村污水處理設施宜采取應急措施徹底阻斷可能存在的病毒傳播。