由于面向養殖企業的基層農技推廣部門技術力量相對薄弱,人員力量欠缺,存在推廣難度大、技術落地難的問題,對技術成果的推廣應用會產生一定的制約效果。

農業污水是造成地下水污染最普遍的因素,也是最難治理的污染源之一,由于其形成過程隨機性大、潛伏周期長以及影響因素復雜等,因此相應的研究和污染控制難度也較大。但養殖糞肥對地下水的污染比化肥污水都要高出8%,養殖糞水和沼液直接還田對地下水的污染風險也顯著高于化肥,有關養殖對地下水污染風險的評價及控制的研究需要深入開展。

糞污從收集、處理到后期利用的過程中,不僅會導致大量的養分流失,還會造成大氣、水體和土壤的污染,其中以氨氣或氮氣形式揮發的氮流失占一半比例,但目前對這方面的研究還不多,尤其是糞便長周期堆肥過程中產生的臭氣和成本控制以及厭氧工程中沼氣貯存和有效利用是亟待解決的技術難點。在資源化利用方面,沼液如何按農時運輸并灌溉,長期使用養殖糞肥造成的重金屬和抗生素殘留問題等也是亟待解決的技術難點。以抗生素為例,畜禽養殖業用于促進動物生長及疾病預防和治療的抗生素用量超過一定量時,其中有一半左右的抗生素會殘留在動物的糞污中,這對發展生態農業、有機農業造成了極大的不便,也影響著糞污資源化利用的推進。