我國畜禽養殖污染防治主要瓶頸問題之一是頂層設計不足導致種養失衡、糞污資源化利用難度大。

我國畜禽養殖業在頂層設計上側重優良品種推廣、規模化經營和標準化生產、疫病防控等,長期以來基層政府對于養殖分區劃定標準不明確,對于環境保護的設計經常直接套用工業化處理的模式,甚至直接將養殖企業遷入工業園區與化工企業同步管理,導致有些地方養殖過于集中,非常不利于畜禽糞污的收集、處理以及資源化利用。

盡管許多養殖企業迫于形勢開始打造種養結合的生態農業,但是龐大的養殖規模需與大面積的農田并不相匹配,這對于人多地少的地區來講是非常困難的。此外,對于大型的規模養殖,每天產生的大量糞污如何按照作物需求高效輸送到農田,且不造成資源浪費和二次環境污染,也是目前面臨的難題。糞污從貯存、輸送到灌溉等的每一個環節,在現實操作中都存在技術難點。