針對我國畜禽養殖業種養失衡、成套技術少以及排放特異性污染物等問題,水專項從技術研發、成套技術集成、管理機制等方面開展系統研究,產出了系列研究成果。

水專項重視實用技術的應用,通過建設示范工程,引導、培訓和推廣水專項成果。水專項產出了多項養殖污染治理技術,其中多項技術均建立了示范工程并取得良好的運行效果。如：由中國農業科學院農業環境與可持續發展研究所研發的大通欄原位發酵床和異位發酵床養豬技術,被推薦為農業農村部2018年十大引領技術及主推技術,且被推廣到福建、江蘇、浙江和四川等省,累計應用兩千多萬頭當量豬,相關推廣應用規模仍在繼續增長中,在業內成為很好的宣傳示范樣板。

大規模的畜禽業本身成本高，利潤較低，因此難以承受高處理成本的養殖廢水處理工藝。因此，在選擇廢水處理工藝時，運營管理成本較低，應優先考慮施工成本較低，又能夠具有良好處理效果的工藝。在資源和能源逐漸缺乏的背景下，高效、低能耗流程的廢水處理設備正在受到更多關注。