與工業廢水相比，醫院廢水的危害要更大。醫院在運行過程中，會產生具有直接或者間接感染性、毒性以及其他危害性的廢水，成分復雜，涉及放射性污染以及多種生物性化學性。醫院廢水中含有大量的病毒、細菌、蟲卵等致病原體外，除此之外還含有一定量的化學藥劑和放射性同位素，具有會對空間產生污染、傳染速度快以及會潛伏性傳染等特征。總的來說，醫院廢水的危害性很大。如果含有病原微生物的醫療污水，不經過消毒、滅活等無害化處理，而直接排入城市下水道，會對環境造成嚴重的污染，甚至會引發各種疾病，或導致介水傳染病的爆發流行。

那么醫院廢水處理的流程工藝選擇就需要按以下原則來進行：

1、傳染病醫院必須采用二級處理，且需要進行預先的消毒處理。

2、處理出水排入城市下水道的綜合醫院如果僅僅采用一級處理工藝的必須加強處理效果，在條件允許情況下，一般推薦采用二級處理。對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理，但是切不可由于條件限制不經處理醫院廢水或不達標處理。

3、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。