國內外已經發展了許多養殖廢水的處理方法，其中包括物理、化學處理方法和生物膜法、耐鹽植物處理法、人工濕地處理法、及綜合處理法等。此外，還有專門針對懸浮顆粒物的處理方法。

1、物理處理法：依據水體及水體中污染物的理化性質，采取曝氣、過濾、沉淀、吸附、氣浮等方法凈化水質，除去水中懸浮物質或有害氣體。

2、化學處理法：利用化學反應來處理水中的污染物或懸浮膠粒。包括絮凝、中和、絡合、氧化還原、消毒等方法。

3、生物方法利用微生物和自養性植物改良水質，有助于防止殘餌與代謝產物積累所引起的水質敗壞。

（1）活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由細菌、原生動物等組成，常見的有酵母、霉菌、草履蟲等。該法的應用歷史較長，原理、方法及工藝技術已經成熟，應用于養殖水處理，去處氮磷的效果較好?，F有的生物法中，活性污泥法只在鹽度不高的情況下有比較理想的效果，不適于處理海水養殖廢水。

（2）生物膜法

生物膜法具有高效、操作簡便等特點。生物膜的載體不同，附著在載體上的微生物的生長量不同，對養殖廢水的處理效果也不同。目前多采用紫外線殺菌器、臭氧發生器、蛋白質分離器和生物過濾器這四部分構成養殖污水生物膜處理工藝系統。

常用的生物過濾器有浸沒式生物濾床、滴濾式生物濾床、生物轉盤等。但生物膜法存在抗沖擊力弱、易受污染、不能多次循環利用、運行時間長等缺點，尚不能廣泛的應用于處理養殖污水。因此一些研究者在此基礎上進行了改進研究。

（3）人工濕地及大型藻類處理方法

以景觀水體為處理對象，構建了植物浮床生態箱-植物浮床生態箱-人工濕地-沉水植物生態箱多級人工生態系統，在系統中引入了多種植物、魚類、螺螄、蝦等物種，且該系統在循環流方式下運行。

大型藻類的養殖技術一般比較成熟，種群數量容易控制，它們本身又可用作飼料、藥材、食品。因此自20世紀70年代開始，逐漸利用大型海藻來凈化養殖環境。目前，試驗進行的大型藻類生物凈化作用所涉及的大藻包括綠藻、褐藻、紅藻等，主要針對養殖自身污染，對養殖環境的營養鹽負荷以及可能造成的赤潮生物的爆發而進行研究。一般采用石莼類和江籬類為吸收營養鹽的素材，對赤潮生物的抑制一般以石莼類為研究材料。我國養殖病害一般發生在高溫季節和雨季，因此，應當積極篩選廣溫、廣鹽種的大型藻類。此外，目前還逐步發展了菌藻聯合調控技術。細菌和藻類是水生態體系中調節水質的重要微生物,它們能夠有效控制養殖水體中的NH4+-N等營養鹽含量,改善水質，且具有無毒副作用、不污染環境的特點，符合健康養殖的要求。