養殖廢水直接排入或隨雨水沖刷進入江河湖庫，大量消耗水體中的溶解氧，會使水體變黑發臭，造成水體污染。養殖場產生的糞污排放造成地表水、地下水、土壤和環境空氣的嚴重污染，直接影響了人們的身體健康，而未經處理的糞污中含有大量污染物質。

養殖污水長時間滲入地下，使地下水中的硝態氮或亞硝態氮濃度增高，地下水溶解氧含量減少，有毒成分增多，導致水質惡化，嚴重危及周邊生活用水的水質。高濃度污水還可導致土壤孔隙堵塞，造成土壤透氣、透水性下降及板結、鹽化，嚴重降低土壤質量，甚至傷害農作物，造成農作物生長受阻或死忘。

糞污水中含有大量的氮、磷等營養物是造成水體富營養化的重要原因之一，排入魚塘及河流使對有機物污染敏感的水生生物逐漸死亡， 嚴重者導致魚塘及河流喪失使用功能。